The UK’s 100,000 Genomes Project is a national initiative funded by the National Institute for Health Research (NIHR) and National Health Service (NHS) to sequence and interpret the genomes of 100,000 patients affected with infection, cancer, or rare disease. Though the genome sequencing of 100,000 participants was completed at the end of 2018, research on rare disease diagnosis is continuing to be published, along with news on follow-up research findings.

이번 주에는 영국의 100,000 Genome Project와 관련된 기사를 소개해 드립니다. 100,000 Genome Project란, NIHR과 NHS의 펀딩으로 진행된 국가 프로젝트로, 희귀질환 또는 암 환자 100,000 명의 전체 유전체(whole genome)를 시퀀싱 하고 해석하는 사업입니다. 100,000개 유전체에  대한 시퀀싱은 2018년 말에 완료되었지만, 희귀질환 진단과 관련된 연구 논문이 꾸준히 발표 되고 있으며, 후속 연구에 대한 새로운 뉴스가 계속 나오고 있습니다.

A preliminary report on rare disease diagnosis from the 100,000 Genomes Project has been published in the New England Journal of Medicine.

Of 4,660 participants of the rare disease diagnosis study, 2,183 were undiagnosed rare disease patients, and 2,477 were family members. Whole genome sequencing (WGS) was performed as singletons, duos, or trios, depending on the recruitment of the proband’s family members. 25% of probands ultimately received genetic diagnoses. The diagnostic rate of patients with intellectual disability, hearing disorders, and vision disorders ranged from 40% to 55%.

The report analyzes not only the details of the diagnostic process, but also the three effects of the diagnosis. First, the project ended the diagnostic odysseys for many participants. The median odyssey duration was 75 months, and the median number of hospital visits was 68. Second, these findings are predicted to reduce the NHS medical resource costs. The total expenses before diagnosis for the patients was $122 million. Lastly, many of the diagnoses provided immediately medically actionable insight. Clinicians of 25% of diagnosed patients reported the immediate clinical actionability.

Currently, the NHS with the National Genomic Medicine Service is sequencing 500,000 genomes with the goal of completion by 2024. The project investigators hope that the study will help illustrate the role of genome sequencing in rare disease patient care.

희귀질환 진단 관련 100,000 Genomes Project에는 4,660명이 참여했고 이중 미진단 희귀질환 환자들은 2183명, 가족 구성원이 2,477명이었습니다.  환자에 따라 Singleton, Duo, Trio 방식으로 WGS 검사가 진행 되었고 최종적으로 25%의 희귀질환 의심 환자가 유전 진단을 받았습니다. 인지 장애, 청각 장애, 시각 장애 환자들에 대한 진단율은 40%에서 55%로 전체 평균 진단율과 비교해 높았습니다.

보고서에는 진단 과정에 관한 내용뿐만 아니라 진단 이후의 세 가지의 긍정적 효과도 분석되어 있습니다. 첫 번째, 진단 방랑 기간 단축 효과(진단 환자의 방랑 기간과 병원 방문 횟수 중간값은 각각 75개월과 68회). 두 번째, NHS의 의료비용 절감 효과 (진단 전까지 환자 총 의료 비용 $122 million). 세 번째, 임상 관리 변화를 위한 정보 제공(진단 환자 25%는 임상적인 의사결정에 즉각적인 영향).

현재 NHS가 National Genomic Medicine Service와 함께 2024년 완료를 목표로 500,000개 유전체 시퀀싱을 진행 중입니다. 이 연구를 통해서도 희귀질환 환자의 삶을 개선하는 데 도움을 줄 정보를 얻게 되기를 기대합니다.

Original Article: 100,000 Genomes Pilot on Rare-Disease Diagnosis in Health Care — Preliminary Report New England Journal of Medicine, 385:1868-1880(2021).

A research pilot on whole genome sequencing will be conducted on newborns in the UK.

The UK government announced in October that government-owned company Genomics England will receive funding for a research pilot to sequence the genomes of 100,000 to 200,000 babies.

This is the first step towards the goal that UK Health Minister Matt Hancock announced in November 2019 to sequence the genomes of all babies.

This project called the Newborn Genomes Programme will include screening only for actionable genetic conditions for which there are existing treatments or interventions.

Proponents of genome sequencing state that it can help diagnose rare diseases early, improve health later in life, and advance the field of genetics and genomics as a whole. However, there are perspectives against it for reasons such as leakage and abuse of personal information and ethical issues.

Josephine Johnston, director of research at the Hastings Center, a bioethics institute in New York, raised various concerns about newborn screening and how DNA testing is not a crystal ball.

영국 정부는 지난 10월 정부 산하의 Genomics England가 100,000에서 200,000명의 신생아의 지놈 시퀀싱을 목표로 한 선행 연구를 위한 자금을 지원받게 될 것이라고 발표했습니다.

지난 2019년 11월 영국 보건부 장관 Matt Hancock이 모든 신생아가 WGS를 받을 수 있게 하겠다는 포부를 드러낸 이후, 목표를 향한 첫 발걸음이라는 의미가 있습니다.

Newborn Genomes Programme 이라고 부르는 이 프로젝트는 기존 치료법이나 개입 방법이 있는 ‘행동 가능한’ 유전자 상태에 대해서만 스크리닝을 하겠다는 계획입니다.

신생아 지놈 시퀀싱 지지자는 조기에 희귀질환을 진단하고 노년의 건강을 개선하고 유전학 분야를 전반적으로 발전시킬 수 있다고 이야기하고 있습니다. 하지만 개인정보 유출 및 남용, 윤리적인 문제 등의 이유로 부정적으로 보는 시선도 있습니다.

이 기사에는, 뉴욕에 있는 생명 윤리 연구소인 헤이스팅스 센터 연구 책임자 Josephine Johnston의 인터뷰 내용이 담겼습니다. 그는 신생아 스크리닝의 우려 점을 제시하고 있으며 DNA 검사가 만능 검사가 아니라는 점을 강조하고 있습니다.

Original Article: WIRED. The UK Government Wants to Sequence Your Baby’s Genome